A BBTE karai új akadémia/tudományos iskolákba szerveződnek, minden iskolát a karok/oktatási programok dékánjaiból összeállított tanács koordinálja (illetve az általuk kijelölt képviselők):
(1) A Művészeti és humántudományi iskolát (School of arts & humanities/School of liberal arts) a Bölcsészettudományi, a Történelem és Filozófia, a Színház és Film Karok, illetve a teológiai karok művészeti programjai alkotják.
(2) A Társadalomtudományi iskola (School of social sciences) tagjai a Jogtudományi, Szociológia és Szociális Munkásképző, a Pszichológia és Neveléstudományok, a Közgazdaság és Gazdálkodástudományi, az Európai Tanulmányok, az Üzletkötő, a Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományi Kar, a Sport és Testnevelés, a Földrajz Kar (a Társadalomföldrajz és Turizmus szak), illetve a Történelem és Filozófia Kar (a Nemzetközi Tanulmányok és Jelenkortörténeti Intézet) lesznek.
(3) A Természet- és élettudományok iskolába (School of sciences and life sciences) a Matematika és Informatika, a Fizika, a Kémia és Vegyészmérnöki, a Biológia és Geológia, a Környezettudományi és Környezetmérnöki Kar, valamint a Földrajz Kar (a Természetföldrajzi és Műszaki Földrajzi Intézetés, illetve a Területtervezés Intézet) fognak tartozni
(4) A Mérnöki és műszaki tudományi iskolába (School of engineering and technology) tartoznak a Kémia és Vegyészmérnöki Kar (a mérnöki komponensű kémiai és biokémiai mérnöki tanulmányok), a Környezettudományi és Környezetmérnöki Kar (a mérnöki komponensű környezetmérnöki tanulmányok), a Fizika Kar (a mérnöki komponensű műszaki fizikai tanulmányok), a Biológia és Geológia Kar (a mérnöki komponensű ipari biotechnológiai/molekuláris biotechnológiai/geológusmérnöki tanulmányok), illetve a Mérnöki Tudományok Kar (a resicabányai kihelyezett tagozat).
(5) Az Egészségügyi iskola (School of health) tagjai a Pszichológia és Neveléstudományi Kar (a Klinikai Pszichológia és Pszichoterápia Intézet klinikai/egészségügyi programjain keresztül), a Politika-, Közigazgatás- és Kommunikációtudományi Kar (a Közegészségügyi Intézeten keresztül), a Fizika Kar (az orvosi fizikai programon keresztül), a Biológia és Geológia Kar (a minőségellenőrzés az orvosi laboratóriumokban/táplálkozástudományok/orvosi biológia programokon keresztül), a Testnevelés és Sport Kar (a kinetoterápiai program révén), Környezettudományi és Környezetmérnöki Kar (a környezetegészségi program révén), illetve a Kémia és Vegyészmérnöki Kar (az élelmiszer-kémiai és a klinikai kémiai programok révén) lesznek.
(6) A Teológiai tudományok iskolát (School of theology/divinity) a BBTE négy teológiai fakultása alkotja: Ortodox Teológia, Görögkatolikus Teológia, Református Teológia, Római Katolikus Teológia karok.