A kolozsvári akadémiai oktatás története messzire nyúlik vissza, és szorosan összekapcsolódik a Szamos menti város fejlődésével. Az egyetemi élet kezdeteit egészen a XVI. századig vezethetjük vissza. 1578-ban Báthory István erdélyi fejedelem XIII. Gergely pápa jóváhagyását kérte, hogy Kolozsváron egy jezsuita kollégiumot alapíthasson. A következő évben a pápa Erdélybe küldte a tizenkét szerzetesből álló legelső missziós csoportot. A jezsuita misszió tagjai közül megemlítjük a következő szerzeteseket: Szántó (Arator) István, Wujek (Vangrovitius) Jakub, Ladó Bálint, Luigi Odescalchi, Justus Rabbus, Thomány Mátyás és Wolfgang Schreck.
Az 1579. július 17-én Vilnából (ma Vilnius, Litvánia) keltezett alapítólevelében Báthory István fejedelem a jezsuitákat bízta meg iskolájának vezetésével, és a létrejött kolozsvári Jezsuita Nagykollégiumot 1581. május 12-én újabb alapítólevéllel akadémiai rangra emelte, és felhatalmazta, hogy magasabb szintű okleveleket (gradus et Baccalaureatus, et Magisterii, et Doctoratus) bocsásson ki. Az alapító fejedelem szándéka volt, hogy a Jezsuita Nagykollégium a korszak neves egyetemeihez hasonló intézménnyé váljon, grammatika, filozófia, teológia és retorika kurzusokkal. Ugyanakkor tanulni lehetett itt latin, héber és görög nyelvet is. A jezsuita kollégium legelső rektora a lengyel származású Wujek Jakub szerzetes volt. A kollégiumi oktatás latin nyelvű volt, és két kar működött a keretében: Filozófia (3 év), majd Teológia (4 év).
1583-ban a Jezsuita Nagykollégium mellett megkezdte működését a Pápai és Királyi Szeminárium (Seminarium Pontificium ac Regium), a római katolikus papképző szeminárium. Báthory a jezsuita Antonio Possevinót bízta meg a kolozsvári szeminárium pedagógiai és adminisztratív megszervezésével. Éppen ezért Antonio Possevinót tekinthetjük a kolozsvári jezsuita felsőoktatás spirituális atyjának. A Jezsuita Nagykollégium folyamatosan működött rövidebb megszakításokkal, egészen 1607-ig, amikor a kolozsvári országgyűlés hivatalosan is kimondta a jezsuiták Erdélyből való száműzetését.
1698 őszétől a jezsuiták által biztosított oktatást a Jezsuita Akadémia folytatta (a kordokumentumokban Collegium Claudiopolitanum vagy Academia Claudiopolitana néven szerepel), amely a Jezsuita Nagykollégium jogutód-intézményének számít. Ugyanebben az évben újjáalapították a Jezsuita Szemináriumot is. Az Academia Claudiopolitana Universitas Claudiopolitanává lépett elő, 1776-ban mind a négy klasszikus karral rendelkezett: Filozófia mint a Teológiai, a Jogi és Orvostudományi karok előfutára. 1780-ban az Universitas Claudiopolitana felépítése egészen pontosan a következő volt: Filozófiai kar – 5 tanszékkel (logika és metafizika; fizika; matematika; geometria [alkalmazott matematika] és történelem), Jogi kar (kánon- és büntetőjogi, polgári és római jogi tanszékkel), Orvostudományi Kar (egyetlen anatómiai, sebészeti és szülészeti tanszékkel) és Teológiai Kar (4 tanszék); az oktatás latinul és németül folyt (1751-től).
A XVIII. század kezdetén a jezsuita rend irányításával megkezdődtek a mai Farkas utca (M. Kogălniceanu) nyugati oldalán található reprezentatív épületkomplexum építkezési munkálatai: Jezsuita Akadémiai Kollégium, jezsuita templom, Báthory-Apor Internátus, valamint a nemesi konviktus épülete (a mai Echinox épület).
A jezsuiták erdélyi felsőoktatási intézményét, a Collegium Claudiopolitanumot 1753-ban Mária Terézia császárnő egyetemi ranggal és privilégiumokkal ruházta fel, és megengedte az „universitas” cím használatát. A jezsuita rend 1773-ban történt feloszlatását követően a kolozsvári Akadémiai Kollégium a piarista rend vezetése alá került.
II. József császár döntése alapján 1784-ben az intézet neve Királyi Akadémiai Líceum (Lyceum Regium Academicum) lesz, félegyetemi státusban működik (azaz átmenetet képez a középiskolai és egyetemi oktatás között, baccalaureus/magister képesítést nyújt, de doctor képesítést nem). Az intézmény keretében három különálló szak (tanszék/kar/intézet) működött: filozófia, jog és orvostudomány. A teológiai képzés Kolozsvárról Gyulafehérvárra kerül át. A líceum 1850-es átszervezése után két félegyetemi oktatási intézménnyé – az Orvosi-Sebészeti Intéze és az 1863-ban alapított Királyi Jogakadémia – válik, amelyek később az 1872-ben alapított új magyar egyetembe olvadnak bele. A XIX. század folyamán Kolozsváron további középiskolai és felsőoktatási intézmények (félegyetemek) is működtek, ezek közül megemlítendő: a Református Kollégium (ahol jogtudományi kurzusokat is tartottak) és az Unitárius Kollégium (itt jogtudományi és teológiai tanszékek működtek).
1872. október 12-én I. Ferenc József, az Osztrák-Magyar Monarchia császára és Magyarország királya szentesítette „A kolozsvári magyar királyi tudományegyetem felállításáról és ideiglenes szervezéséről” szóló XIX. és XX. törvénycikkeket, amelyek biztosították a kolozsvári tudományegyetem működését. Négy különálló kar létesült: 1. Jog- és Államtudományi Kar (12 tanszékkel), 2. Orvostudományi Kar (11 tanszékkel), 3. Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Kar (10 tanszékkel), és 4. Matematikai és Természettudományi Kar (7 tanszékkel); a két utóbbi mellé középiskolai tanárképző intézet felállítását rendelték el. A rektori székbe a Jog- és Államtudományi Kar részéről jelölt Berde Áront, a Királyi Jogakadémia utolsó igazgatóját, a nemzetgazdaságtan és pénzügytan nyilvános rendes tanárát választották.
1881. január 4-én I. Ferenc József magyar király engedélyezte az egyetem alapítólevelének kiállítását, és azt, hogy az intézmény ezután az ő nevét viselje. A késés oka a kolozsvári oktatási és kutatási infrastruktúra meglehetősen bizonytalan állapota. Ezt követően kezdődtek el a nagyobb arányú építkezések is. 1918-ig, az első világháború végéig 63 épület készült el, amelyekben egyetemi tevékenység zajlott. Ezek közül a legjelentősebbek:
A Kolozsvári Tudományegyetem 40 oktatóból álló tanári testülettel kezdte meg működését 40 katedrán, de 1919-ig a tanszékek száma 61-re emelkedett, ahol már 150 egyetemi oktató tanított nagyszámú, alacsonyabb fokozatú oktatószemélyzet, oktatói segédszemélyzet és adminisztratív személyzet mellett. Sok egyetemi oktatónak kiváló tudományos teljesítménye volt, amelyet nemzetközi szinten is elismertek. Közülük megemlítjük az alábbiakat: Fejér Lipót, Haar Alfréd és Riesz Frigyes matematikusok, Cholnoky Jenő földrajztudós, Brassai Sámuel polihisztor, Pósta Béla régész, Martin Lajos és Farkas Gyula fizikusok.
A beiratkozott hallgatók az Erdélyben élő nemzetiségek soraiból kerültek ki (magyarok, románok, németek, zsidók, örmények stb.), illetve valamennyi vallásfelekezet képviseltette magát (protestánsok, katolikusok, görögkeletiek, görögkatolikusok, zsidók). Egy 1895. november 18-án kiadott rendelet tette lehetővé nők számára a bölcsészeti, orvosi és gyógyszerészi képzést és gyakorlatot. 1872 és 1918 között a kolozsvári magyar tannyelvű egyetemen közel 40.000 hallgató tanult, és 12.000 hallgató kapott egyetemi oklevelet. A román nyelvű hallgatók létszáma 2635 volt. A Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetemen megfordult román nemzetiségű személyiségek között volt Iuliu Maniu (joghallgató), Iuliu Haţieganu (orvostudomány), George Coşbuc (bölcselet), Vasile Meruţiu (természettudományok), és mások.
Az első világháború végén, Erdély Romániához való csatolását és Nagy-Románia létrejöttét követően az I. Ferdinánd által aláírt 4090-es számú, 1919. szeptember 12-én kiadott királyi rendelet értelmében „a Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetem 1919. október 1-jétől román egyetemmé alakul át”. Az új román tannyelvű intézmény keretében négy kar működött: Jogtudományi Kar, Orvostudományi Kar, Természettudományi Kar, Bölcsészet és Filozófia Kar. Az egyetem legelső román nyelvű rektora a Bölcsészettudományi Kar nyelvészprofesszora, Sextil Puşcariu volt, továbbá Nicolae Drăganu rektorhelyettes, Gheorghe Bogdan-Duică, a Bölcsészettudományi Kar dékánja, Dimitrie Călugăreanu, a Természettudományi Kar dékánja, Iuliu Hațieganu, az Orvostudományi Kar dékánja, és Vasile Dimitriu, a Jogtudományi Kar dékánja. Az első szemeszterben a román egyetemnek 1871 hallgatója volt, a másodikban már 2182. A megnyitó előadást, amelynek címe Datoria vieţii noastre (Életünk feladata) volt, 1919. november 3-án tartotta Vasile Pârvan neves régész és történész a diákokból, tanárokból és az erdélyi román elit képviselőiből álló nagyszámú hallgatóság előtt.
A kolozsvári román tannyelvű egyetem hivatalos felavatási ünnepséget 1920. január 31. és február 2. között tartották I. Ferdinánd román király és Mária királynő részvételével, számtalan román és külföldi tudós és politikus személyiség jelenlétében. Magánvagyonából I. Ferdinánd király 400.000 lejt adományozott a Román Történeti Intézet létrehozására.
1924-ben elfogadják és a Hivatalos Közlönyben közzéteszik azt a törvényt, amelynek értelmében a Kolozsvári Egyetemet „közjogi jogi személynek” ismerik el.
A kolozsvári román tannyelvű egyetem életének legelső évtizede egy olyan eredményes oktatói és tudományos közösség létrehozásáért tett erőfeszítések jegyében telt, amely folyamatosan tekintettel volt az erdélyi kontextusra. Egészen 1932-ig az akadémiai testület és az egyetemi elöljáróság működési alapelvei enyhén eltértek a bukaresti és a jászvásári egyetemeken gyakorlatban lévő alapelvektől, Kolozsvár ugyanis nagyobb autonómiának és flexibilitásnak örvendett. Az 1919–1932-es időszak tudományos és oktatási téren a tantárgyak változatosabbá tételével, valamint jelentős számú intézet, laboratórium, tanszék és szeminárium létrehozásával jellemezhető, amelyek meghatározó módon hozzájárultak az új román tannyelvű egyetem hírnevének öregbítéséhez. Ekkor jött létre a Barlangtani Intézet (Emil Racoviță vezetésével), a Botanikus Kert (Alexandru Borza igazgató), az Egyetemi Csillagda, a Nemzeti Történeti Intézet (Alexandru Lapedatu és Ioan Lupaș igazgatók), a Román Nyelv Múzeuma (Sextil Pușcariu vezetésével), a Kísérleti, Összehasonlító és Alkalmazott Pszichológiai Intézet (Florian Ștefănescu-Goangă kezdeményezésére), az első erdélyi veszettség elleni oltást kutató intézet, a Matematika szeminárium (Petre Sergescu vezetésével), és a művészettörténeti szeminárium, az újságírói és társadalompolitikai tanszékek.
1927 októberében az egyetem hivatalosan felvette I. Ferdinánd király nevét, így 1927 és 1948 között a kolozsvári egyetemet I. Ferdinánd Király Tudományegyetemnek nevezték.
Az 1932–1940-es időszak egyrészt a romániai egyetemek adminisztratív működésének uniformizálásával jellemezhető, a kolozsvári felsőoktatási intézmény működését is a bukaresti és a jászvásári egyetemek mintájára szervezték meg. Másrészt ez a néhány év Florian-Ștefănescu Goangă pszichológus rektori tisztségének kiemelkedő időszaka, amelynek során az egyetem jelentős fejlődésen ment át. Ebben a periódusban zárul le néhány nagyobb egyetemi infrastrukturális projekt is: Akadémiai Kollégium (1937-ben), Sportpark (Iuliu Hațieganu kezdeményezésére). A Nagyváradi Jogakadémia szintén ekkor válik a kolozsvári egyetem Jogtudományi Karának részévé.
Az 1940. augusztus 30-án meghozott második bécsi döntés értelmében Észak-Erdélyt, amely Kolozsvárt is magába foglalta, visszacsatolták Magyarországhoz. A román tannyelvű kolozsvári egyetem számára ez azonnali következményekkel járt. 1940 szeptemberében az oktatóknak és a hallgatóknak el kellett hagyniuk Kolozsvárt, és egy olyan menedékhelyet kellett keresniük, ahol folytathatták az oktatást és a kutatást. Több megoldási lehetőség közül végül a kolozsvári egyetem kettéosztása mellett döntöttek: a Bölcsészettudományi és Filozófia Kar, az Orvostudományi Kar, valamint a Jogtudományi Kar Nagyszebenbe menekült, míg a Természettudományi Kar Temesvárra került. Az új egyetemi tanév legelső előadásai 1940. november 10-én kezdődtek Nagyszebenben és Temesváron egyaránt; a menedékhelyet talált egyetem megszakítás nélkül folytatta tevékenységét a második világháború éveiben is. Az 1941 és 1944 közötti időszakban rektori tisztséget betöltő Iuliu Hațieganu szavai szerint az új szociálpolitikai és szervezési feltételek mellett az egyetem küldetése az volt, hogy a román szellemiséget promoválja Erdélyben.
Míg az I. Ferdinánd Király Tudományegyetem Nagyszebenben és Temesváron talált menedéket, Kolozsváron a magyar hatóságok újraindították a Szegedről visszakerült Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetemet. Ez az intézmény öt karral működött: Jog- és Államtudományi Kar (Jog), Matematika és Természettudományi Kar, Művészeti Kar, Nyelv- és Történettudományi Kar (Filológia), Orvostudományi Kar, illetve Közgazdaság-tudományi Kar.
A kolozsvári akadémiai életet erőteljesen befolyásolta a második világháború végére kialakult geopolitikai kontextus. 1945 tavaszán, a román közigazgatás Erdélybe történő visszaállítását követően, az I. Ferdinánd Király Tudományegyetem Nagyszebenből és Temesvárról visszakerült Kolozsvárra. Az 1946 és 1947 közötti időszakot az egyetem tanári karának nagyarányú, politikai és ideológiai alapú tisztogatása jellemezte.
Ezzel párhuzamosan, az 1945. május 29-én kiadott 407-es számú királyi rendelet alapján 1945. június 1-jén Kolozsváron hivatalosan létrejött egy magyar tannyelvű állami egyetem, a következő karokkal: Irodalom- és Bölcsészettudományi Kar, Jogtudományi- és Közgazdaság-tudományi Kar, Természettudományi Kar. Rövid ideig itt működött az Orvostudományi Kar is, amely később Marosvásárhelyre költözött. 1945 decemberében a magyar tannyelvű Állami Tudományegyetem a Bolyai Tudományegyetem nevet veszi fel, ezzel tisztelegve a két erdélyi matematikus, apa és fia, Bolyai Farkas és János előtt.
1947. december 30-a, a Román Népköztársaság kikiáltásának napja a kommunista rendszer romániai berendezkedésének kezdetét is jelöli egyben. Ennek következményeként 1948 májusában a kolozsvári I. Ferdinánd Király Tudományegyetem felveszi a világhírű kutatóorvos, Victor Babeş nevét.
Az 1948. augusztusi tanügyi reform következtében úgy a Victor Babeş Tudományegyetem mint a Bolyai Tudományegyetem szerkezete lényegesen átalakult. Így az Orvostudományi Karokat teljesen és visszavonhatatlanul leválasztották az egyetemekről, és önálló intézményekké szervezték át. Ehhez hasonlóan 1948 őszétől megalakulnak a Dialektikus és történelmi materializmus, a Marxizmus-leninizmus alapjai és a Politikai gazdaságtan tanszékek. 1957 őszétől karok és szakok szerint bevezetik a csökkentett óralátogatású (esti) és a látogatás nélküli kurzusokat.
Ebben az időszakban a Victor Babeş Tudományegyetemen az alábbi karok működtek, négyéves képzési programmal: Matematika és Fizika Kar, Természettudományi Kar, Kémia Kar, Geológia és Földrajz Kar, Pedagógia és Pszichológia Kar, Bölcsészettudományi Kar, Filozófia Kar és Történelem Kar (a két legutóbbi 1954-ben egyesült). Ezek mellett működött még a Jog- és Közigazgatás-tudományi Kar is, hároméves képzési programmal, amely rövid ideig (1951–1953) a Bolyai Tudományegyetem Jogtudományi karával közösen fejtette ki tevékenységét.
Ebben a periódusban a Bolyai Tudományegyetemen az alábbi karok működtek: Közgazdaság-tudományi Kar, Jog- és Közigazgatás-tudományi Kar (18 tanszékkel); Természettudományi Kar (8 tanszékkel); Matematika és Fizika Kar (10 tanszékkel); Kémia Kar (5 tanszékkel); Történelem Kar (7 tanszékkel); Filozófia Kar (4 tanszékkel); Pedagógia és Pszichológia Kar (2 tanszékkel).
A román állami- és pártvezetés döntései alapján 1959 március–júliusában a kolozsvári román tannyelvű egyetem és a magyar tannyelvű egyetem egyesítése révén megvalósul az egyedüli kolozsvári állami egyetem létrehozása.
1959 szeptemberében megkezdi tevékenységét az új tanintézmény, amely ekkortól a Babeş–Bolyai Tudományegyetem nevet viseli, és létrejöttének pillanatában hat karral rendelkezik: Matematika és Fizika Kar, Kémia Kar, Természettudományi és Földrajz Kar, Bölcsészettudományi Kar, Jogtudományi Kar, Történelem és Filozófia Kar. A Babeş–Bolyai Tudományegyetem legelső rektora Constantin Daicoviciu régész volt.
Megalakulásakor a Babeş–Bolyai Tudományegyetemen összesen 702 oktatói állás volt, az egyesítés előtti 782 álláshoz képest. Az 1959–1960-as egyetemi tanévben a Babeş–Bolyai Tudományegyetem hallgatóinak létszáma 4502 volt, amelyből 3159 román, 1285 magyar, 36 német és 22 más nemzetiségű volt.
Az 1959 és 1970 közötti időszakban a kolozsvári egyetem hosszas újjászervezési folyamaton ment keresztül a karok, tanszékek, szakok, egyetemi tantervek és képzési programok tekintetében. 1961-ben létrejött a Közgazdaság-tudományi Kar. Fokozatosan egy olyan akadémiai struktúra szerveződött, amelyben az egyetem – a hozzá csatlakozó Pedagógiai Intézettel együtt – 16 kart tömörített, 37 nappali tagozatos szakkal, 11 esti tagozatos szakkal, valamint 20 látogatás nélküli szakkal. Ugyanebben az időszakban újabb infrastrukturális beruházásokra került sor, amelyeket a hallgatóknak és a kolozsvári oktatóknak szántak: megépültek a Kőkert utcai diáknegyed egyetemi szálláshelyei, valamint a Diákművelődési Ház.
Az 1970–1971-as egyetemi tanévben volt a legmagasabb a beiskolázott hallgatók létszáma: 14.438 személy (6.742 nappali tagozaton, 235 esti tagozaton és 7.461 látogatás nélküli képzésen), valamint az egyetemi oktatók létszáma is: 841 személy (102 egyetemi tanár, 151 egyetemi docens, 299 egyetemi adjunktus, 198 egyetemi asszisztens és 91 gyakornok). A XX. század 8. és 9. évtizedei a kolozsvári egyetem történetének nehéz időszakát jelentették. Ekkor regisztrálhatóak az oktatási és kutatási tevékenységre vonatkozó fokozatos megszorítások, a szakok belső összevonása, bizonyos szakok eltűnése (pl. pszichológia), a külföldi egyetemekkel kötött tudományos szerződések csökkentése, a hallgatók és az oktatók státusának degradálódása stb.
1989-ben a Babeş–Bolyai Tudományegyetemen összesen 5.619 hallható tanult, a tanári kar 470 román, 81 magyar, 6 német és 10 más nemzetiségű oktatóból állt. 1989. december 22-én megjelenik a „Declaraţia pentru o nouă Universitate a Daciei superioare” (Egy új Felső-Dacia Tudományegyetemre vonatkozó nyilatkozat), amely a kolozsvári egyetem modern alapokon történő újjászervezési tervéről szólt, a két világháború közötti időszakhoz hasonlóan, a kommunista rendszer bukásának küszöbén.
1990 után, Románia új demokratikus keretei között a Babeş–Bolyai Tudományegyetem erőteljes átalakuláson ment keresztül. 1995-től kezdődően állásfoglalás született az egyetem szerkezetének újjáalakítása vonatkozóan, egy multikulturális alapokon elgondolt egyetemi képzés bevezetésével. Létrejött a tannyelvi alapokon szerveződő három nagy tagozat: a román tagozat, a magyar tagozat, és a német tagozat. 1991 és 2005 között a karok bővülésének folyamata zajlott, akár a régebbi struktúrákból való kiválással, akár közvetlen megalakulás révén. Ennek köszönhetően a 2006–2007-es egyetemi tanévtől kezdődően a Babeş–Bolyai Tudományegyetem keretében 21 kar működik. Az elmúlt évtizedekben az oktatói és kutatói infrastruktúra is jelentős mértékű fejlődésen ment át, 1997-ben elindult az egyik legnagyobb egyetemi beruházás: a Közgazdaság- és Gazdálkodástudományi Kar egyetemi kampuszának megépítése. Újrakezdődött a világ rangos egyetemeivel való kapcsolatfelvétel és együttműködés, erős oktatói és kutatói hálózatok épültek ki, és számtalan tudományos projekt valósult meg a partneregyetemekkel közösen.
A 2015–2016-os egyetemi tanévben a Babeș–Bolyai Tudományegyetem 21 kara közül 17 karon magyar tannyelvű oktatás is van, 9 karon pedig német tannyelvű oktatás is. Az intézmény képzési kínálata a 41.690 beiskolázott hallgató számára: 337 román tannyelvű alapképzési és magiszteri program, 119 magyar tannyelvű alapképzési és magiszteri program, valamint 18 német tannyelvű képzési program.
A Babeș–Bolyai Tudományegyetemet a szakminisztérium joggal sorolta be a korszerű kutató és oktatóegyetemek közé. Az intézmény nemzetközi szinten is tekintélyes helyeken szerepel, a szakterületek szerinti rangsorok révén a Babeș–Bolyai Tudományegyetem a szakintézmények világszintű akadémiai élvonalába kerül. Országos szinten pedig az elmúlt években a közel 100 hazai egyetem közül a legelső helyen szerepel a hasonló jellegű egyetemi rangsorok nagy részében.
A 2015–2016-os egyetemi tanévben a Times Higher Education osztályozása szerint a Babeș–Bolyai Tudományegyetem egyedüli romániai egyetemként az 501–600. kategóriában szerepelt, és a nemzetközi rangsorban neves közép- és délkelet-európai egyetemekkel azonos szinten jelent meg: Krakkó, Varsó, Budapest, Pozsony és Ljubljana. Szintén 2015-ben a Babeș–Bolyai Tudományegyetemet javasolták a Scopus által első alkalommal felajánlott Scopus Research Excellence Award kiválósági díjra.
2015-ben a Best Global Universities Rankings rangsorban a Babeș–Bolyai Tudományegyetem nemzetközi szinten az 560. helyezést érte el. A Webometrics (Ranking Web of Universities) rangsorban, amelybe a világ 11.996 egyetemét válogatták be, a Babeș–Bolyai Tudományegyetem legelső helyezést ért el a romániai egyetemek közül (ez nemzetközi szinten a 938. helyet jelenti). A 2016-os összesített rangsor alapján országos szinten a Babeș–Bolyai Tudományegyetem került a legelső helyre.
A „2016-os Nemzeti Egyetemi Metaranking” alapján a Babeș–Bolyai Tudományegyetem az első helyre került a romániai egyetemek közül.